Come documentare perfettamente la tua analisi R con R Markdown

Come Documentare Perfettamente La Tua Analisi R Con R Markdown



Con il versatile formato R Markdown, puoi includere facilmente il testo, il codice R eseguibile e i relativi risultati in un unico file. Da questi file è possibile trasformare facilmente più formati di output statici e dinamici, come PDF (.pdf), Word (.docx) e HTML (.html). Un file R Markdown ben scritto ha il vantaggio di essere riproducibile. Ciò implica anche che è possibile ricostruire il documento senza modificare il file reale se si riscontra un problema di trascrizione dei dati o si ha la possibilità di aggiungere nuove informazioni alla ricerca. Poiché RStudio dispone già del pacchetto R markdown integrato, non sono richiesti passaggi preliminari per la sua installazione.

Codice di prova

Prima di iniziare con R Markdown, assicurati di avere R montato nel tuo sistema. Oltre a ciò, RStudio dovrebbe essere lanciato al momento. Innanzitutto, creiamo uno script per il set di dati che utilizziamo nel file R Markdown.

Importiamo la libreria “dataset” da R all'interno dell'area del codice sorgente. I set di dati integrati possono essere recuperati utilizzando questa libreria. Pertanto, il set di dati denominato 'AirPassengers' viene recuperato utilizzando la funzione 'dati' e riepilogato utilizzando la funzione 'riepilogo'.







Alla fine, la funzione plot() viene applicata a questo set di dati per ottenere una vista grafico/tracciato del particolare set di dati. Dopo aver eseguito questo codice, otteniamo il riepilogo di questo set di dati che viene visualizzato sulla console.



biblioteca ( set di dati )

dati ( 'Passeggeri aerei' )

riepilogo ( Passeggeri aerei )

complotto ( Passeggeri aerei )



Nel riquadro destro di RStudio, puoi anche vedere apparire il grafico del set di dati AirPassengers. Ora utilizziamo questo codice nel nostro documento R Markdown.





Introduzione a R MarkDown in RStudio

Per avviare un file R Markdown, devi utilizzare il menu 'File' dalla finestra in alto a sinistra di RStudio. Toccalo ed espandi l'opzione 'Nuovo file' disponibile. All'interno dell'opzione 'Nuovo file', puoi trovare l'opzione 'R Markdown' elencata. Toccalo per crearne uno.



Sulla schermata di RStudio verrà visualizzata una nuova finestra 'Nuovo R Markdown'. Poiché vogliamo creare un documento R Markdown, dobbiamo selezionare 'Documento' dal riquadro di sinistra. Ora puoi nominare il tuo documento utilizzando il campo “Titolo”; l'abbiamo chiamato 'Test'.

Inoltre, puoi fornire il tuo nome come autore di questo documento, ad esempio 'John'. Nell'ultimo campo, devi fornire la data in cui hai creato il documento R Markdown. Puoi anche utilizzare la casella di controllo per visualizzare la data di un documento ogni volta che lo aggiorni.

Ora devi selezionare il formato di output predefinito del tuo file, ovvero html, pdf o Word. Nel nostro caso, selezioniamo 'HTML' come formato di output predefinito per il file. Tocca il pulsante 'OK' per continuare a creare un file R Markdown di esempio. Puoi anche utilizzare il pulsante 'Crea documento vuoto' per creare un file Markdown vuoto.

Passa alla modalità visiva per la modifica

Il file R Markdown di esempio viene aperto nell'area RStudio Source. Ora puoi modificare questo file Markdown di esempio in base alle tue esigenze. Questo file di esempio Markdown è diviso in tre parti. La parte che inizia e finisce con '—' è chiamata 'Intestazione' del file Markdown. Include le informazioni che hai fornito mentre iniziavi a creare un file di markdown di esempio, ovvero titolo, autore, data e formato di output.

La parte '## R Markdown', comprese le righe di testo, è il blocco 'testo' di questo file markdown. Puoi anche aggiornarlo e inserirvi il testo. Il “## R Markdown” è un titolo che può anche essere aggiornato. La parte successiva che inizia con tre simboli ““`” denota la parte “Code Chunk” specifica per l'aggiunta degli snippet di codice. La parte di codifica può essere accompagnata anche dalla parte “plots” specifica per generare grafici tramite codici.

Passiamo alla modalità 'Visiva' del file R Markdown utilizzando il pulsante 'Visiva' dalla barra delle applicazioni della finestra RStudio aperta. La finestra appena aperta fornisce alcune istruzioni su come spostarsi all'interno della modalità visiva. Tocca il pulsante “Usa modalità visiva” per aprire la modalità visiva.

Modifica il file di esempio

Ora viene avviata la modalità di modifica 'Visiva' per il file di esempio R Markdown. È possibile formattare, inserire e modificare l'intero file utilizzando i menu forniti nella barra delle applicazioni. Ad esempio, non abbiamo aggiornato la parte Intestazione ma abbiamo sostituito i titoli delle Intestazioni per i blocchi “Testo” e “Trama”. Sostituisci il testo di esempio con un nuovo testo e fornisci un nuovo codice nell'area codice. Abbiamo anche aggiornato lateralmente il blocco 'Trama' di questo file.

Salva il file

Ora utilizza il pulsante 'Knit' fornito nella barra delle applicazioni di RStudio per generare un documento.

Ora, RStudio ti chiederà la posizione e il nome di un nuovo file Markdown che intendi salvare. Per impostazione predefinita, il tipo del file R Markdown è '.Rmd'. Lo chiamiamo 'test' come da immagine seguente e lo salviamo sull'unità 'D' tramite il pulsante 'Salva':

Dopo aver salvato il file R Markdown appena generato, RStudio potrebbe essere coinvolto in una piccola elaborazione per visualizzare il documento. Prima di ciò, potrebbe chiederti di avviare una nuova sessione aprendo la seguente finestra. Tocca 'Avvia nuova sessione' per procedere:

Esamina il documento Markdown

Dopo un po', RStudio avvia la sua nuova sessione insieme all'apertura del documento R Markdown appena creato in una finestra separata tramite RStudio. Il file contiene il suo blocco 'Intestazione' con il titolo di un file come 'Test' seguito dal nome dell'autore e dalla data di creazione. Il codice e il blocco di trama mostrano lo stesso output al 100% visualizzato nell'output del codice 'Test'.

Conclusione

Questa guida fornisce la migliore dimostrazione dell'utilizzo del linguaggio R per creare un documento tramite R Markdown. Iniziando con l'impostazione del documento, abbiamo spiegato come modificare, salvare e aprire il file R Markdown appena generato e dare un'occhiata al blocco di intestazione, al blocco di testo, al blocco di codice e al blocco di stampa.